Probe qPCR Mix (2X, Low ROX)是一種基于TaqMan等探針的用于實(shí)時熒光定量PCR，即探針法qPCR(Quantitative PCR)或real-time PCR的高品質(zhì)預(yù)混液，主要用于cDNA和基因組DNA等的特異性超高靈敏度定量檢測。由于使用的探針一般是TaqMan探針，所以本方法也常稱作TaqMan探針法。

本產(chǎn)品特別適合用于低豐度或高特異性的目的基因的定量或定性檢測。例如一些低豐度的mRNA、lncRNA、小RNA、微生物RNA反轉(zhuǎn)錄后的高靈敏度檢測，一些相似度較高的常規(guī)染料法難以區(qū)分的同源基因或者基因的SNP檢測。
檢測原理：探針法qPCR不使用熒光染料如SYBR Green等對PCR產(chǎn)物進(jìn)行熒光染色，而是采用了熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)(quencher)標(biāo)記的DNA探針靶向擬通過PCR檢測的目標(biāo)序列(設(shè)計(jì)的探針結(jié)合位點(diǎn)通常位于兩條引物結(jié)合位點(diǎn)之間)。正常情況下，探針上的淬滅基團(tuán)由于空間上的熒光共振能力轉(zhuǎn)移(FRET)而導(dǎo)致熒光基團(tuán)淬滅。在PCR反應(yīng)擴(kuò)增目標(biāo)序列時，引物和探針都會退火到目標(biāo)基因上，隨著引物的延伸，Taq酶的5'→3'外切酶活性會導(dǎo)致結(jié)合在目標(biāo)序列上的探針從5’端開始逐漸被降解。探針的熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)被Taq酶切開后，淬滅基團(tuán)的作用消失，熒光基團(tuán)就能正常地被激發(fā)光所激發(fā)而產(chǎn)生熒光了。每經(jīng)過一個PCR循環(huán)，就會有更多的熒光基團(tuán)被釋放，熒光強(qiáng)度與新合成的目標(biāo)片段數(shù)量成正比，從而就可以實(shí)現(xiàn)定量檢測了。探針通常是目標(biāo)序列特異性的一段線性DNA，5'端標(biāo)記FAM或HEX等熒光基團(tuán)，3'端標(biāo)記BHQ1、TAMRA或MGB等熒光淬滅基團(tuán)。
本產(chǎn)品的特異性好、靈敏度高：特異性并不僅僅依賴于PCR引物，還依賴于探針的特異性，探針和目標(biāo)基因發(fā)生特異性的結(jié)合和降解，才能生成熒光信號，檢測靈敏度和特異性通常要顯著高于使用SYBR Green等熒光染料的方法。
本產(chǎn)品可用于多重檢測：單個反應(yīng)孔中，不同基因?qū)��?yīng)不同探針，不同探針對應(yīng)不同熒光標(biāo)記，即可進(jìn)行多重?zé)晒舛�量PCR檢測。經(jīng)測試，在適當(dāng)優(yōu)化引物和探針后，本產(chǎn)品可同時用于2-3個基因的檢測。
本產(chǎn)品使用的 Taq DNA Polymerase是一種與抗體結(jié)合的高品質(zhì)熱啟動酶，能夠?qū)崿F(xiàn)便捷高效的熱啟動。 Taq DNA Polymerase中的Taq酶與抗Taq酶的單克隆抗體相互結(jié)合，從而抑制了Taq酶的DNA聚合酶活性，這樣可以有效避免在低溫條件下由引物和模板DNA非特異性退火或引物二聚體引起的非特異性擴(kuò)增。在PCR反應(yīng)的預(yù)變性步驟中抗體會被加熱失活，這樣可以確保僅在預(yù)變性后才會把Taq酶的活性釋放出來，預(yù)變性之前不會發(fā)生DNA聚合反應(yīng)，從而大大提高了PCR反應(yīng)的特異性、靈敏度和定量檢測的準(zhǔn)確性。
本產(chǎn)品包含了Taq DNA Polymerase、PCR Buffer、dNTPs、穩(wěn)定劑和鎂離子等所有的通用組分，使操作更簡單、使用更便捷。用戶只需自備引物、探針、樣品DNA和去離子水即可。
本產(chǎn)品含低濃度ROX，適用于需低濃度ROX作為校正染料的熒光定量PCR儀。ROX的作用是用于校正與PCR無關(guān)的熒光波動，從而最大限度減少孔間差異。這種差異可能由多種因素引起，如移液誤差及樣品蒸發(fā)等。不同的熒光定量PCR儀對ROX的要求不同，請根據(jù)實(shí)際所用儀器選擇含高濃度ROX (High ROX)、低濃度ROX (Low ROX)或不含ROX的Probe qPCR Mix (2X)。通常含高濃度ROX的Probe qPCR Mix (2X, High ROX)也可以用于不需要ROX或需要低濃度ROX的熒光定量PCR儀。常用儀器所需ROX類型請參考如下表格。

本產(chǎn)品如果用于常規(guī)的96孔板qPCR檢測(建議反應(yīng)體系為20µl)，每毫升本產(chǎn)品可以進(jìn)行100次檢測；如果用于常規(guī)的384孔板qPCR檢測(建議反應(yīng)體系為10µl)，每毫升本產(chǎn)品可以進(jìn)行200次檢測。
包裝清單：

保存條件：
-20℃避光保存，一年有效； 4℃避光保存，一個月內(nèi)有效。盡量避免反復(fù)凍融。
注意事項(xiàng)：
探針的熒光標(biāo)記須根據(jù)所使用的qPCR儀熒光兼容性來確定。對于需要ROX作為校正染料的熒光定量PCR儀，避免使用ROX標(biāo)記探針。
用于多重檢測時，需要適當(dāng)優(yōu)化引物和探針，并使用適當(dāng)?shù)牟煌瑹晒饣鶊F(tuán)標(biāo)記探針，確定效果后再進(jìn)行多重檢測，一般建議不超過三重檢測。
使用前需確保整管試劑完全融化，上下顛倒輕輕混勻后使用�；靹蜻^程中盡量避免產(chǎn)生氣泡。
注意引物退火溫度，當(dāng)退火溫度<60℃時，推薦使用三步法PCR擴(kuò)增。
對于超過350bp或者高GC含量的擴(kuò)增片段，建議增加延伸時間至60秒或者采用三步法以提高擴(kuò)增效率。
經(jīng)測試，本產(chǎn)品反復(fù)凍融10次對使用效果無顯著影響。但仍需盡量避免反復(fù)凍融本產(chǎn)品，反復(fù)凍融可能使產(chǎn)品性能下降。
qPCR檢測是超高靈敏度的檢測，PCR反應(yīng)設(shè)置區(qū)域需盡量避免各種可能的待擴(kuò)增產(chǎn)物的污染。PCR產(chǎn)物宜密封后丟棄，以避免超高濃度的PCR產(chǎn)物污染實(shí)驗(yàn)環(huán)境。
本產(chǎn)品僅限于專業(yè)人員的科學(xué)研究用，不得用于臨床診斷或治療，不得用于食品或藥品，不得存放于普通住宅內(nèi)。
為了您的安全和健康，請穿實(shí)驗(yàn)服并戴一次性手套操作。

使用說明：
1.PCR反應(yīng)體系的設(shè)置：
a.融解并混勻PCR反應(yīng)所需的各種溶液。 Probe qPCR Mix (2X, Low ROX)完全融解并混勻后置于冰浴上或冰盒內(nèi)。
b.參考下表在室溫或冰浴上設(shè)置PCR反應(yīng)體系(以96孔板為例)：

注意：(1) 通常引物的終濃度為0.2-0.5μM時可獲得良好的檢測效果，也可根據(jù)情況在0.1-1.0μM范圍內(nèi)調(diào)整引物的終濃度。
(2) 最佳的探針(probe)濃度，與使用的熒光定量PCR儀、探針種類、熒光標(biāo)記物質(zhì)種類有關(guān)。實(shí)際使用時請參考儀器說明書，或各熒光探針的具體使用要求進(jìn)行探針濃度的調(diào)節(jié)。通常探針的濃度宜低于引物的濃度，例如引物終濃度為0.3μM ，則推薦的探針終濃度為0.2μM，可在0.1-0.3μM范圍內(nèi)調(diào)整探針的終濃度。
(3) 通常DNA模板的量以1-10ng cDNA或10-100ng基因組DNA為參考用量。因不同物種的模板中含有的目的基因拷貝數(shù)不同，如有必要，可對模板進(jìn)行梯度稀釋，以確定最佳的模板使用量。RT-PCR反應(yīng)得到的cDNA直接作為模板時，其添加量不要超過PCR反應(yīng)總體積的10%。
(4) 96孔板的推薦反應(yīng)體系為20µl，也可以根據(jù)實(shí)際實(shí)驗(yàn)需求，按比例擴(kuò)大或縮小反應(yīng)體系。
(5) 建議設(shè)置不加模板的陰性對照組。
c.用移液器輕輕吹打混勻或輕微Vortex混勻，室溫離心數(shù)秒，使液體積聚于管底。
d.將設(shè)置好的PCR反應(yīng)管或PCR反應(yīng)板置于熒光定量PCR儀上，開始PCR反應(yīng)。
2.PCR反應(yīng)程序：
在Real-time PCR反應(yīng)前進(jìn)行模板的預(yù)變性，通常設(shè)定為95℃ 2分鐘，復(fù)雜或高GC模板適當(dāng)延長時間至5分鐘。本產(chǎn)品中的 Taq DNA Polymerase可以在15秒內(nèi)可完成至少300bp的擴(kuò)增，可以滿足絕大多數(shù)的qPCR實(shí)驗(yàn)；對于超過350bp或者高GC含量的擴(kuò)增子，建議增加延伸時間至60秒或者采用三步法以提高擴(kuò)增效率。建議采用如下的PCR程序，本程序是以ABI 7900HT熒光定量PCR儀為例：
a.預(yù)變性：95℃ 2min
b.變性：95℃ 15sec
c.退火/延伸：60℃ 15-30sec
d.重復(fù)步驟b和步驟c，總共40個循環(huán)
e.熔解曲線分析(可選)：95℃ 15sec, 60℃ 15sec, 95℃ 15sec
f.使用熒光定量PCR儀提供的軟件分析結(jié)果
三步法只需在退火/延伸后加一步72℃ 30sec，隨后重復(fù)步驟b、c及增加的這一步驟共40個循環(huán)即可。
注：以上舉例為常規(guī)qPCR反應(yīng)系統(tǒng)，僅供參考。實(shí)際反應(yīng)條件因模板、引物等的結(jié)構(gòu)不同而各異，需根據(jù)模板、引物、目的片段的特點(diǎn)設(shè)定最佳反應(yīng)條件，并根據(jù)比例放大或縮小反應(yīng)體系。

常見問題：
1.熒光定量PCR結(jié)果不理想，出現(xiàn)特異性不好或擴(kuò)增效率不高時，可能是由于以下原因造成：
a.引物設(shè)計(jì)不佳。請選擇適當(dāng)?shù)囊�物設(shè)計(jì)軟件進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，注意引物的GC含量、二級結(jié)構(gòu)、二聚體、退火溫度、長度、特異性等方面的問題。也可以嘗試使用有文獻(xiàn)報(bào)道使用過的引物，或者從訂購經(jīng)過測試的qPCR引物。
b.待擴(kuò)增片段GC含量偏高。GC含量較高的情況下PCR會變得相對比較困難，此時宜更換引物。
c.PCR反應(yīng)體系在室溫設(shè)置時容易導(dǎo)致非特異性條帶，但在使用熱啟動酶時可以有效避免室溫操作導(dǎo)致的非特異性條帶的產(chǎn)生。但對于一些較難擴(kuò)增的產(chǎn)物，可以嘗試在冰浴上設(shè)置PCR反應(yīng)體系，以進(jìn)一步減少非特異性的DNA擴(kuò)增。
d.退火溫度不佳，需要優(yōu)化。這種情況下宜更換引物。
e.待擴(kuò)增片段GC含量較高或長度較長，變性不夠充分。此時宜更換引物，使待擴(kuò)增片段的GC含量和長度適中。
f.模板量太低，此時宜適當(dāng)加大模板量。
g.模板中含有抑制PCR反應(yīng)的物質(zhì)，可以用適當(dāng)?shù)腄NA純化方法例如柱純化等純化模板DNA。
2.反應(yīng)條件優(yōu)化方法：
a.引物濃度：通常引物終濃度為0.3μM時可獲得良好檢測效果，終濃度可以在0.1-1.0μM范圍內(nèi)適當(dāng)調(diào)整。如果希望提高反應(yīng)特異性，可降低引物濃度；如果希望提高擴(kuò)增效率，可增加引物的濃度，從而優(yōu)化反應(yīng)體系。
b.探針濃度：通常探針終濃度為0.2μM時可獲得良好檢測效果，終濃度可以在0.1-0.5μM范圍內(nèi)適當(dāng)調(diào)整，但不宜超過引物的終濃度。
c.退火溫度：建議采用兩步法PCR，退火溫度60℃進(jìn)行反應(yīng)。如果希望提高反應(yīng)特異性，可提高退火溫度，以60-64℃作為退火溫度的調(diào)整范圍。在引物Tm值較低而得不到良好的實(shí)驗(yàn)結(jié)果時，可嘗試進(jìn)行三步法PCR擴(kuò)增，三步法的退火溫度請以56-64℃作為溫度設(shè)置的參考范圍。
d.延伸時間：建議采用兩步法PCR，延伸15-30秒。對于超過350bp或者高GC含量的擴(kuò)增子，建議增加延伸時間至60秒或者采用三步法以提高擴(kuò)增效率。

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