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熒光及可視化 RT-LAMP 擴(kuò)增試劑盒

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 熒光及可視化 RT-LAMP 擴(kuò)增試劑盒是根據(jù)本公司的雙染料 RT-LAMP 專利技術(shù)開發(fā)的熒光和可見光雙模式檢測(cè)試劑盒,它既可以用于熒光 RT-LAMP 擴(kuò)增及檢測(cè),也可以用于可視化 RT-LAMP擴(kuò)增及檢測(cè),適用于各種針對(duì)核酸的快速定性檢測(cè)。本產(chǎn)品具有下列特點(diǎn):

1. 含可見光和熒光染料,既可以用金屬浴和水浴擴(kuò)增用可見光肉眼判斷結(jié)果,也可用熒光 PCR 儀進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光檢測(cè)。

2. 內(nèi)含的 dUTP-UNG 可防交叉污染。

3. 特異性比 RT-PCR 高,因?yàn)?/font> RT-LAMP 擴(kuò)增使用 4-6 條引物而不是兩條。

4. 靈敏性可達(dá) 10 拷貝/反應(yīng)以下(隨引物而不同,故假陰性率更低。

只可用于科研,只可進(jìn)行定性檢測(cè),不能用于定量檢測(cè)。

 

編號(hào)

塑料盒包裝

MMLV 逆轉(zhuǎn)錄酶(含 RI200U/μL

60905a

50 μL黃蓋

4×RT Buffer(dNTP)

60905b

250 μL白蓋)

5×熒光及可視化LAMP MagicMix

200603a

200 μL綠蓋

Bst DNA 聚合酶 2.0(8U/uL)

200403

50 uL (紅蓋)

RT-LAMP 陽(yáng)性對(duì)照模板-引物混合物

130923a

20 μL(黃蓋

超純水

100935

1mL(亮黃蓋)

使用手冊(cè)

200603sc

1 份

 

低溫運(yùn)輸,-20℃保存,保存期限為一年

 

RT-LAMP 模板及 RT-LAMP 引物、PCR 級(jí)石蠟油僅對(duì)使用金屬浴或水浴者)。

準(zhǔn)備工作:如果使用水浴鍋或金屬浴,需要在實(shí)驗(yàn)啟動(dòng)前打開并調(diào)到 60-65℃。如果用金屬浴,還必須在孔中加水以填充金屬孔和反應(yīng)管間的空隙。金屬浴和水浴溫控遠(yuǎn)遠(yuǎn)不如PCR 儀器,所以使用前需要用陽(yáng)性對(duì)照和陰性對(duì)照(水)做預(yù)實(shí)驗(yàn)確認(rèn)可用。一、樣品 RNA 的制備

1. 用自選方法純化樣品的 RNA,本試劑盒跟市場(chǎng)上大多數(shù) RNA 提取試劑盒兼容。

2. 如果有 N 個(gè)樣品,則至少需要做 N+2 個(gè)樣品制備,包括一個(gè)制備陽(yáng)性對(duì)照制備時(shí)加入自備的跟要檢測(cè)的靶分子相同的陽(yáng)性對(duì)照模板,一起經(jīng)歷提取過程和一個(gè)制備陰性對(duì)照(用水替代樣品)。最后 N+2 個(gè)樣品一起進(jìn)行 RNA 提取操作,得 N+2 個(gè) RNA 樣品。

二、合成 1st-strand cDNA

 

按下表配制 RT 反應(yīng)體系:

 

成分

加入量

 

自備 RNA 模板RNA

 poly(A) mRNA

或?qū)R坏?RNA

注意:RNA 樣品不能有基因組 DNA 污染。

 

100-500 ng

10-500 ng

0.01pg-500ng

自備引物 F3

1 μL

4×RT Buffer(dNTP)

5 μL

自備 RNase-free 

補(bǔ)水到 19 μL

 

4. 70℃保溫 5 分鐘后立即冰浴。

5. 37℃保溫 5 分鐘。對(duì)富含二級(jí)結(jié)構(gòu)的高 GC RNA 模板,可改成 45℃保溫 5 分鐘。

6. 加入 1μL (=200 U) MMLV 逆轉(zhuǎn)錄酶( RI,終體積為 20μL。

7. 42℃保溫 60 分鐘。

8. 70℃保溫 10 分鐘以終止反應(yīng),放置在冰上待用。合成的 cDNA 可以直接作為

LAMP 模板使用,不需要純化。

三、 熒光及可視化 LAMP 擴(kuò)增及檢測(cè)(20μL 體系)

9. 反應(yīng)設(shè)置:如果有 N+2 個(gè) cDNA 樣品,則最好設(shè)置 N+4 個(gè)LAMP 擴(kuò)增,增加 LAMP

陰性對(duì)照和 LAMP 陽(yáng)性對(duì)照各 1 個(gè)。在 N+4 個(gè) 0.2mL PCR 管中加入下列成分:

10. 混勻后進(jìn)行擴(kuò)增。由于本產(chǎn)品含雙染料,可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)室條件選擇下列三種方式進(jìn)行擴(kuò)增和檢測(cè)。

11. 如果使用PCR 儀、金屬浴或水浴進(jìn)行擴(kuò)增,肉眼檢測(cè),則必須先在每個(gè)反應(yīng)管中 30 μL 自備的石蠟油,否則保溫期間反應(yīng)體系的水分會(huì)蒸發(fā),影響反應(yīng)效率(如果使用 PCR 儀器并開啟熱蓋,則可以不加石蠟油60-65℃保溫 90 分鐘,肉眼觀察管內(nèi)液體顏色。

 

12。如果使用熒光定量 PCR 儀:設(shè)為 60-65℃保溫 1 分鐘/循環(huán), 90 個(gè)循環(huán),每分

鐘在 FAM 通道采集一次熒光信號(hào)。

 

13. 如果使用PCR 儀、金屬浴或水浴進(jìn)行擴(kuò)增,再使用 qPCR 儀進(jìn)行終點(diǎn)法熒光讀數(shù): 則在擴(kuò)增前和擴(kuò)增后,分別在 qPCR 儀器上測(cè)熒光讀數(shù)溫度設(shè)為 60-65℃,1 次循環(huán),每次循環(huán) 1 分鐘,在 FAM 通道采集一次熒光信號(hào)。注意:測(cè)熒光讀數(shù)必須在 65℃進(jìn)行。擴(kuò)增反應(yīng)按 60-65℃,90 分鐘進(jìn)行。

四、 結(jié)果分析及解讀

14. 如果是用普通PCR 儀器、水浴或金屬浴進(jìn)行的擴(kuò)增,反應(yīng)結(jié)束后只能肉眼判斷結(jié)果。將反應(yīng)管放置在白色背景如白紙前觀察。擴(kuò)增陽(yáng)性對(duì)照管內(nèi)反應(yīng)液將呈現(xiàn)藍(lán)色,無模板和無引物的陰性對(duì)照將呈淺藍(lán)色。如果擴(kuò)增陽(yáng)性對(duì)照管內(nèi)反應(yīng)液不呈現(xiàn)藍(lán)色,或無模板和無引物的陰性對(duì)照任何一個(gè)呈現(xiàn)藍(lán)色,則說明試劑有問題,實(shí)驗(yàn)無效。請(qǐng)跟廠家聯(lián)系。

15. 如果實(shí)驗(yàn)有效,則分析 N+2 個(gè)樣品管的結(jié)果。如果樣品管反應(yīng)液的顏色接近擴(kuò)增陽(yáng)性對(duì)照管則說明有擴(kuò)增,如果接近無模板和無引物的陰性對(duì)照,則說明無擴(kuò)增。反應(yīng)結(jié)果示例見左圖9 為陰性,10 為陽(yáng)性)。

16. 如果是用熒光PCR 儀進(jìn)行擴(kuò)增,則可分析擴(kuò)增曲線和 Ct。試劑盒提供的陽(yáng)性對(duì)照 Ct 將小于 60,如果大于 60,說明試劑可能失效,需跟廠家聯(lián)系。無模板陰性對(duì)照和無引物陰性對(duì)照的 Ct 將大于 90。如果任何小于 90,則說明試劑或環(huán)境被污染,需重復(fù)實(shí)驗(yàn)或跟廠家聯(lián)系。如果陽(yáng)性對(duì)照和陰性對(duì)照 Ct 都在正常范圍,則分析樣品的 Ct。Ct 小于 60 的判斷為陽(yáng)性,大于 90 判為陰性,在 60-90 之間則需要重復(fù)檢測(cè)。

17. 如果使用 PCR 儀、金屬浴或水浴進(jìn)行擴(kuò)增,肉眼檢測(cè),再使用熒光定量 PCR 進(jìn)行終點(diǎn)法熒光讀數(shù)來判斷陰陽(yáng)性,則先比較陽(yáng)性對(duì)照和陰性對(duì)照。陽(yáng)性對(duì)照樣品擴(kuò)增后信號(hào)增幅應(yīng)該超過 100%,陰性對(duì)照擴(kuò)增后信號(hào)增幅應(yīng)該低于 50%,否則實(shí)驗(yàn)無效,請(qǐng)與廠家聯(lián)系。如果兩個(gè)對(duì)照均有效,則比較樣品擴(kuò)增前后熒光讀數(shù)的差值。如果擴(kuò)增后熒光信號(hào)增幅低于 50%,則判斷為陰性。如果熒光信號(hào)增幅高 100%,則判斷為陽(yáng)性。熒光信號(hào)增幅在 50-100%之間的,則需要重測(cè)。

18. 當(dāng)實(shí)時(shí)熒光檢測(cè)和可視化檢測(cè)同時(shí)用于判讀結(jié)果時(shí),如果彼此不一致,以實(shí)時(shí)熒光LAMP 的數(shù)據(jù)為準(zhǔn)。一般可視化結(jié)果滯后實(shí)時(shí)熒光檢測(cè)結(jié)果 20-30 分鐘,也就是說,在 qPCR 儀上第 30 分鐘時(shí)呈現(xiàn)陽(yáng)性的樣品,其反應(yīng)液的顏色變化一般在第

 

50-60 分鐘時(shí)才能觀察到。

 

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