產(chǎn)品及特點(diǎn) :細(xì)菌(Bacteria)廣義的細(xì)菌即為原核生物是指一大類細(xì)胞核無核膜包裹,只存在稱作擬核區(qū)(nuclear region)(或擬核)的裸露 DNA 的原始單細(xì)胞生物,包括真細(xì)菌(eubacteria)和古生菌(archaea)兩大類群。人們通常所說的即為狹義的細(xì)菌,狹義的細(xì)菌為原核微生物的一類,是一類形狀細(xì)短,結(jié)構(gòu)簡單,多以二分裂方式進(jìn)行繁殖的原核生物,是在自然界分布最廣、個(gè)體數(shù)量最多的有機(jī)體,是大自然物質(zhì)循環(huán)的主要參與者。本公司開發(fā)細(xì)菌通用染料法熒光定量 PCR 試劑盒,它具有下列特點(diǎn):
1. 即開即用,用戶只需要提供 DNA 模板。
2. 引物根據(jù)細(xì)菌專一區(qū)設(shè)計(jì),特異性高。
3. 熒光定量 PCR 檢測,比常規(guī) PCR 更加靈敏。
4. 一管式閉管操作,降低了交叉污染。
5. 本試劑盒足夠 50 次 20μL 反應(yīng)體系的熒光定量 PCR。
6. 本產(chǎn)品只適用于科研,不能用于臨床診斷。
運(yùn)輸及保存 低溫運(yùn)輸、-20℃保存,有效期一年。
產(chǎn)品組成:
編號(hào) | 成分 | 包裝 |
1 | 2×qPCR MagicMix | 500 μL(棕色管) |
2 | 熒光 PCR 專用模板稀釋液 | 1 mL(黃蓋) |
3 | 細(xì)菌通用染料法 qPCR 引物混合液 | 100 μL(白蓋) |
4 | 細(xì)菌通用染料法 qPCR 陽性對(duì)照 (1×10E8 拷貝/μL) | 50 μL(黃蓋) |
5 | 說明書 | 1份 |
自備試劑 DNA 模板、超純水、10×ROX(根據(jù)機(jī)型決定,具體見使用方法)。
使用方法
一、稀釋 PCR 陽性對(duì)照(以 10E2-10E7 拷貝/μL 這 6 個(gè) 10 倍稀釋度為例)
1. 注意:由于陽性對(duì)照濃度非常高,因此下列稀釋操作一定要在獨(dú)立的區(qū)域進(jìn)行,千萬不能污染樣品或本試劑盒的其他成分)。為增加產(chǎn)品穩(wěn)定性和避免擴(kuò)散傳染性病
原,本產(chǎn)品不提供活體樣品做陽性對(duì)照,只提供可以直接使用的 DNA 片段作為陽性對(duì)照。
2. 標(biāo)記 6 個(gè)離心管,分別為 7,6,5,4,3,2。
3. 用帶芯槍頭分別加入 45 μL 熒光 PCR 專用模板稀釋液(最好用帶芯槍頭,下同)。
4. 在 7 號(hào)管中加入 5 μL 1×10E8 拷貝/μL 的陽性對(duì)照,充分震蕩 1 分鐘,得1×10E7 拷貝/μL 的陽性對(duì)照。放冰上待用。
5. 換槍頭,在 6 號(hào)管中加入 5 μL 1×10E7 拷貝/μL 的陽性對(duì)照(上步稀釋所得),充分震蕩 1 分鐘,得 1×10E6 拷貝/μL 的陽性對(duì)照。放冰上待用。
6. 換槍頭,在 5 號(hào)管中加入 5 μL 1×10E6 拷貝/μL 的陽性對(duì)照到 5 號(hào)管中,充分震蕩 1 分鐘,得 1×10E5 拷貝/μL 的陽性對(duì)照。放冰上待用。
7. 重復(fù)上面的操作直到得到 6 個(gè)稀釋度的陽性對(duì)照。放冰上待用。
二、樣品 DNA 的制備
8. 如果有 N 個(gè)樣品,必須設(shè)置 N+2 個(gè)提取,多出的一個(gè)是 PC(樣品制備陽性對(duì)照),一個(gè)是 NC(樣品制備陰性對(duì)照)?梢杂 10μL PCR 陽性對(duì)照的 10000 倍稀釋的(稀釋后濃度為 1×10E4 拷貝/μL,10μL 相當(dāng)于 1 萬拷貝,可以將 10μL 原液加入到 990μL 自備 TE 溶液中,充分混勻,此為 100 倍稀釋液。再取 10μL 此稀釋液加入到 990μL 自備 TE 溶液中,充分混勻,此為 10000 倍稀釋液)再加上一定量的水作為制備的陽性對(duì)照(加水后其總體積跟樣品一樣,樣品體積多少取決于所用試劑盒的要求)?梢杂盟鳛橹苽涞年幮詫(duì)照。制備所得成為樣品 DNA。
9. 用自選方法純化 N+2 個(gè)樣品的 DNA,本試劑盒跟市場上大多數(shù)核酸提取試劑盒兼容。
三、設(shè)置 qPCR 反應(yīng)(20 μL 體系,在樣品制備室進(jìn)行)
10. 如果做定量分析并且只做 1 次重復(fù),則標(biāo)記 N+9 個(gè) PCR 管,其中 N+2 個(gè)用于上步得到的 N+2 個(gè)樣品,1 個(gè)用于 PCR 陰性對(duì)照,6 個(gè)用于標(biāo)準(zhǔn)曲線。如果做定性分析,并且只做 1 次重復(fù),則標(biāo)記 N+4 個(gè) PCR 管,其中 N+2 個(gè)用于上步得到的N+2 個(gè)樣品,1 個(gè)用于 PCR 陰性對(duì)照(用水做模板),1 個(gè)用于 PCR 陽性對(duì)照(用第 4 號(hào)陽性對(duì)照稀釋液,濃度為 14810 拷貝/μL)。下面只描述定量分析的步驟,定性分析只是把 6 個(gè)標(biāo)曲反應(yīng)縮減成 1 個(gè),其余不變。
11.在標(biāo)記管中按下表加入各成分(本表只列出一次重復(fù)。樣品管和陰性對(duì)照設(shè)置完畢后才設(shè)置陽性對(duì)照,并且陽性對(duì)照樣品要等所有管子蓋上蓋子儲(chǔ)存好后最后加):
注:僅 ABI7500、7700 和 7900 儀器需要使用 ROX 作為對(duì)照,其他熒光 PCR 儀器(如 iCycler IQ、MJ Option、MJ Chromo4、MX3000、MX4000、RotorGene3000、RotorGene 6000 和 LightCycler480)不需要使用 ROX,則用水替代。
成分 | 樣品管N+2個(gè) | PCR陰性對(duì)照管 | PCR陽性對(duì)照管(2-7管) |
2×qPCR MagicMix | 10 μL | 10 μL | 各10 μL |
細(xì)菌通用染料法 qPCR 引物混合液 | 2 μL | 2 μL | 各2 μL |
自備 10×ROX (見注) | 2 μL | 2 μL | 各2 μL |
N+2 待測樣品 cDNA 模板 | 6 μL | - | - |
自備超純水 | - | 6 | - |
第 7 步所得 PCR 陽性對(duì)照 稀釋液(2-7 號(hào)) | - | - | 各 6μL(2 號(hào)樣到2 號(hào)管,3 號(hào)樣到 3號(hào)管…) |
12.蓋上蓋子后上機(jī),按下面參數(shù)進(jìn)行 PCR(具體 PCR 參數(shù)可以根據(jù)儀器不同而自行優(yōu)化)。
過濾 | 溫度 | 時(shí)間 |
預(yù)變性 | 95℃ | 5min |
PCR 反應(yīng) (40 個(gè)循環(huán)) | 95℃ | 15sec |
60℃ | 1 min,(采集 SYBR 通道的熒光信號(hào)) | |
按儀器預(yù)設(shè)程序進(jìn)行熔解曲線分析 |
四、數(shù)據(jù)處理
13. 如果把本試劑盒用于定量檢測,則以陽性對(duì)照濃度的 log 值為橫軸,以 Ct 值為縱軸,繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線。再以待測樣品的 Ct 值從標(biāo)準(zhǔn)曲線上推算出樣品 cDNA 濃度的log 值,再推算出其濃度。
14. 如果把本試劑盒用于定性檢測,只判斷陽性或陰性,則陰性對(duì)照 Ct 必須大于或等于 40。陽性對(duì)照必須有熒光對(duì)數(shù)增長,有典型擴(kuò)增曲線,Ct 值應(yīng)該小于或等于30。對(duì)待測樣品,如果其 Ct 大于或等于 40 則為陰性,如果小于或等于 35 則為陽性。如果在 35-40 之間,則重復(fù)一次。若重復(fù)結(jié)果 Ct 值小于 40,擴(kuò)增曲線有明顯起峰,該樣本判斷為陽性,否則為陰性。